MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d partial sequence

Total Repeats: 960

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187149	TCG	2	6	48	53	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NT_187149	CGG	2	6	77	82	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NT_187149	CGA	2	6	118	123	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NT_187149	GCG	2	6	191	196	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NT_187149	GCC	2	6	225	230	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
6	NT_187149	CGT	2	6	251	256	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NT_187149	CGG	2	6	263	268	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NT_187149	CCA	2	6	286	291	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NT_187149	GCG	2	6	316	321	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NT_187149	CAG	2	6	461	466	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NT_187149	GAT	2	6	467	472	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NT_187149	GC	3	6	477	482	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13	NT_187149	GCG	2	6	496	501	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NT_187149	TGA	2	6	514	519	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NT_187149	TCGG	2	8	540	547	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NT_187149	ATC	2	6	693	698	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995568
17	NT_187149	GCT	2	6	839	844	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995568
18	NT_187149	ATC	2	6	1179	1184	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995568
19	NT_187149	GA	3	6	1276	1281	50 %	0 %	50 %	0 %	399995568
20	NT_187149	CAAG	2	8	1297	1304	50 %	0 %	25 %	25 %	399995568
21	NT_187149	ACG	2	6	1513	1518	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995568
22	NT_187149	CGGA	2	8	1528	1535	25 %	0 %	50 %	25 %	399995568
23	NT_187149	GC	3	6	1539	1544	0 %	0 %	50 %	50 %	399995568
24	NT_187149	GTC	2	6	1545	1550	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995568
25	NT_187149	ACCG	2	8	1617	1624	25 %	0 %	25 %	50 %	399995568
26	NT_187149	TCA	2	6	1637	1642	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995568
27	NT_187149	CCG	2	6	1827	1832	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995569
28	NT_187149	GAA	2	6	1878	1883	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399995569
29	NT_187149	TGA	2	6	1908	1913	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995569
30	NT_187149	T	6	6	1985	1990	0 %	100 %	0 %	0 %	399995569
31	NT_187149	GC	3	6	2032	2037	0 %	0 %	50 %	50 %	399995569
32	NT_187149	TCT	2	6	2101	2106	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995569
33	NT_187149	CCTTT	2	10	2184	2193	0 %	60 %	0 %	40 %	399995570
34	NT_187149	CCG	2	6	2212	2217	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995570
35	NT_187149	TCGTT	2	10	2219	2228	0 %	60 %	20 %	20 %	399995570
36	NT_187149	CGT	2	6	2244	2249	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995570
37	NT_187149	CGAT	2	8	2291	2298	25 %	25 %	25 %	25 %	399995570
38	NT_187149	CGA	2	6	2379	2384	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995570
39	NT_187149	TCG	2	6	2521	2526	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995570
40	NT_187149	TCT	2	6	2529	2534	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995570
41	NT_187149	GAG	3	9	2635	2643	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399995570
42	NT_187149	ATC	2	6	2644	2649	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995570
43	NT_187149	CGTC	2	8	2702	2709	0 %	25 %	25 %	50 %	399995570
44	NT_187149	TGT	2	6	2717	2722	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399995570
45	NT_187149	TCT	2	6	2802	2807	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995570
46	NT_187149	CGA	2	6	2862	2867	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995570
47	NT_187149	AGG	2	6	2879	2884	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399995570
48	NT_187149	TCC	2	6	2956	2961	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	399995570
49	NT_187149	CAT	2	6	2973	2978	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995570
50	NT_187149	CGAT	2	8	3000	3007	25 %	25 %	25 %	25 %	399995570
51	NT_187149	TCT	2	6	3042	3047	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995570
52	NT_187149	T	7	7	3106	3112	0 %	100 %	0 %	0 %	399995570
53	NT_187149	AGG	2	6	3125	3130	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399995570
54	NT_187149	A	6	6	3230	3235	100 %	0 %	0 %	0 %	399995570
55	NT_187149	GAC	2	6	3258	3263	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995570
56	NT_187149	CGC	2	6	3270	3275	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995570
57	NT_187149	CAAT	2	8	3292	3299	50 %	25 %	0 %	25 %	399995570
58	NT_187149	AGA	2	6	3379	3384	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399995570
59	NT_187149	G	6	6	3506	3511	0 %	0 %	100 %	0 %	399995570
60	NT_187149	CAA	2	6	3528	3533	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	399995570
61	NT_187149	CTC	2	6	3782	3787	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	399995570
62	NT_187149	CGAC	2	8	3882	3889	25 %	0 %	25 %	50 %	399995570
63	NT_187149	CAT	2	6	3894	3899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995570
64	NT_187149	CCG	2	6	3916	3921	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995570
65	NT_187149	TGA	2	6	3969	3974	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995570
66	NT_187149	CT	3	6	3995	4000	0 %	50 %	0 %	50 %	399995570
67	NT_187149	GCC	2	6	4007	4012	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
68	NT_187149	GAT	2	6	4063	4068	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NT_187149	AATC	2	8	4097	4104	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NT_187149	TGA	2	6	4164	4169	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995571
71	NT_187149	GGC	2	6	4234	4239	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995571
72	NT_187149	TCGC	2	8	4240	4247	0 %	25 %	25 %	50 %	399995571
73	NT_187149	GAT	2	6	4258	4263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995571
74	NT_187149	GCAG	2	8	4296	4303	25 %	0 %	50 %	25 %	399995571
75	NT_187149	GCG	3	9	4310	4318	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995571
76	NT_187149	CG	3	6	4354	4359	0 %	0 %	50 %	50 %	399995571
77	NT_187149	CG	3	6	4373	4378	0 %	0 %	50 %	50 %	399995571
78	NT_187149	CGT	2	6	4497	4502	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995571
79	NT_187149	CGC	2	6	4584	4589	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995571
80	NT_187149	CATGC	2	10	4632	4641	20 %	20 %	20 %	40 %	399995571
81	NT_187149	CGC	2	6	4677	4682	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995572
82	NT_187149	GC	3	6	4681	4686	0 %	0 %	50 %	50 %	399995572
83	NT_187149	GAT	2	6	4736	4741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995572
84	NT_187149	GGCA	2	8	4875	4882	25 %	0 %	50 %	25 %	399995572
85	NT_187149	CTC	2	6	4964	4969	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
86	NT_187149	GTC	2	6	4972	4977	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NT_187149	TCT	2	6	5027	5032	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995573
88	NT_187149	GAA	2	6	5051	5056	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399995573
89	NT_187149	ATTG	2	8	5196	5203	25 %	50 %	25 %	0 %	399995573
90	NT_187149	CCAGC	2	10	5220	5229	20 %	0 %	20 %	60 %	399995573
91	NT_187149	CCG	2	6	5272	5277	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995573
92	NT_187149	CCCG	2	8	5280	5287	0 %	0 %	25 %	75 %	399995573
93	NT_187149	GAC	2	6	5296	5301	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995573
94	NT_187149	GAT	2	6	5349	5354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995573
95	NT_187149	CCT	2	6	5414	5419	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	399995573
96	NT_187149	GCCG	2	8	5474	5481	0 %	0 %	50 %	50 %	399995573
97	NT_187149	GC	4	8	5511	5518	0 %	0 %	50 %	50 %	399995573
98	NT_187149	CGG	3	9	5528	5536	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995573
99	NT_187149	GATTT	2	10	5545	5554	20 %	60 %	20 %	0 %	399995573
100	NT_187149	CGT	2	6	5639	5644	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995573
101	NT_187149	GC	3	6	5667	5672	0 %	0 %	50 %	50 %	399995573
102	NT_187149	GCC	2	6	5708	5713	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995573
103	NT_187149	TTGAT	2	10	5726	5735	20 %	60 %	20 %	0 %	399995573
104	NT_187149	GCC	2	6	5769	5774	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
105	NT_187149	CAG	2	6	5781	5786	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NT_187149	CT	3	6	5828	5833	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NT_187149	GC	3	6	5973	5978	0 %	0 %	50 %	50 %	399995574
108	NT_187149	CCA	2	6	6011	6016	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995574
109	NT_187149	CGCTG	2	10	6078	6087	0 %	20 %	40 %	40 %	399995574
110	NT_187149	TCT	2	6	6141	6146	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995574
111	NT_187149	AGT	2	6	6162	6167	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995574
112	NT_187149	CAG	2	6	6229	6234	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995574
113	NT_187149	GCG	2	6	6300	6305	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995574
114	NT_187149	AC	3	6	6306	6311	50 %	0 %	0 %	50 %	399995574
115	NT_187149	GGC	2	6	6335	6340	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995574
116	NT_187149	CGT	2	6	6470	6475	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995574
117	NT_187149	ATT	2	6	6505	6510	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	399995574
118	NT_187149	GGC	2	6	6559	6564	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995574
119	NT_187149	GTG	2	6	6600	6605	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399995574
120	NT_187149	GCC	2	6	6647	6652	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995574
121	NT_187149	CGG	2	6	6662	6667	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995574
122	NT_187149	CTT	2	6	6727	6732	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995574
123	NT_187149	CCA	2	6	6744	6749	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995574
124	NT_187149	CA	3	6	6748	6753	50 %	0 %	0 %	50 %	399995574
125	NT_187149	TCG	2	6	6755	6760	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995574
126	NT_187149	GAT	2	6	6865	6870	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995574
127	NT_187149	CGA	2	6	6971	6976	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995574
128	NT_187149	C	6	6	7053	7058	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
129	NT_187149	AGG	2	6	7066	7071	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
130	NT_187149	AAG	2	6	7076	7081	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NT_187149	TCA	2	6	7129	7134	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NT_187149	CGG	2	6	7213	7218	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NT_187149	ATCA	2	8	7292	7299	50 %	25 %	0 %	25 %	399995575
134	NT_187149	AGGA	2	8	7365	7372	50 %	0 %	50 %	0 %	399995575
135	NT_187149	GTC	2	6	7433	7438	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995576
136	NT_187149	CGG	2	6	7457	7462	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995576
137	NT_187149	CAG	2	6	7473	7478	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995576
138	NT_187149	ATC	2	6	7490	7495	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995576
139	NT_187149	TCG	2	6	7530	7535	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995576
140	NT_187149	CG	3	6	7534	7539	0 %	0 %	50 %	50 %	399995576
141	NT_187149	GTT	2	6	7564	7569	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399995576
142	NT_187149	GACGGC	2	12	7603	7614	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	399995576
143	NT_187149	AGG	2	6	7623	7628	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399995576
144	NT_187149	AAG	2	6	7694	7699	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399995576
145	NT_187149	GAAG	2	8	7720	7727	50 %	0 %	50 %	0 %	399995576
146	NT_187149	A	7	7	7750	7756	100 %	0 %	0 %	0 %	399995576
147	NT_187149	GCTC	2	8	7767	7774	0 %	25 %	25 %	50 %	399995576
148	NT_187149	TC	3	6	7773	7778	0 %	50 %	0 %	50 %	399995576
149	NT_187149	CGC	2	6	7842	7847	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
150	NT_187149	CCAGAG	2	12	7868	7879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995577
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152	NT_187149	TGG	2	6	7908	7913	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399995577
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155	NT_187149	GAT	2	6	8084	8089	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995577
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158	NT_187149	CTG	2	6	8203	8208	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995577
159	NT_187149	CCA	2	6	8235	8240	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995577
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163	NT_187149	ACA	2	6	8537	8542	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	399995577
164	NT_187149	CGC	2	6	8576	8581	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
165	NT_187149	TCA	2	6	8588	8593	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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168	NT_187149	GCT	2	6	8752	8757	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
169	NT_187149	GT	3	6	8787	8792	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
170	NT_187149	TGA	2	6	8825	8830	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
171	NT_187149	GCTG	2	8	8839	8846	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
172	NT_187149	CGA	2	6	8956	8961	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995578
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198	NT_187149	TAT	2	6	10041	10046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
199	NT_187149	TGA	2	6	10103	10108	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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235	NT_187149	CAC	2	6	11602	11607	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
236	NT_187149	GTT	2	6	11683	11688	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
237	NT_187149	GGC	2	6	11703	11708	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995581
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242	NT_187149	CT	3	6	11935	11940	0 %	50 %	0 %	50 %	399995581
243	NT_187149	AAT	2	6	11957	11962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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246	NT_187149	CAC	2	6	12023	12028	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
247	NT_187149	GCA	2	6	12079	12084	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
248	NT_187149	TGAGC	2	10	12148	12157	20 %	20 %	40 %	20 %	399995582
249	NT_187149	CAG	2	6	12182	12187	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995582
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252	NT_187149	GAC	2	6	12249	12254	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995582
253	NT_187149	GC	4	8	12312	12319	0 %	0 %	50 %	50 %	399995582
254	NT_187149	CTT	2	6	12353	12358	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995582
255	NT_187149	TCG	3	9	12671	12679	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995582
256	NT_187149	GCC	2	6	12787	12792	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
257	NT_187149	TCG	2	6	12807	12812	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
258	NT_187149	CTC	2	6	12823	12828	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
259	NT_187149	AGG	2	6	13039	13044	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
260	NT_187149	CCA	2	6	13055	13060	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
261	NT_187149	CAT	2	6	13109	13114	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
262	NT_187149	GCT	2	6	13123	13128	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
263	NT_187149	AGA	2	6	13164	13169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
264	NT_187149	AG	3	6	13180	13185	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
265	NT_187149	GCG	2	6	13216	13221	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
266	NT_187149	CGG	2	6	13270	13275	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
267	NT_187149	GCAC	2	8	13289	13296	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
268	NT_187149	GCC	2	6	13433	13438	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995583
269	NT_187149	TTGC	2	8	13512	13519	0 %	50 %	25 %	25 %	399995583
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273	NT_187149	GAC	2	6	13705	13710	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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293	NT_187149	GGT	2	6	14756	14761	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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352	NT_187149	CAA	2	6	17904	17909	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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382	NT_187149	TTTCC	2	10	19703	19712	0 %	60 %	0 %	40 %	399995590
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385	NT_187149	ATC	2	6	19789	19794	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995590
386	NT_187149	GGA	2	6	19847	19852	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399995590
387	NT_187149	AT	3	6	19864	19869	50 %	50 %	0 %	0 %	399995590
388	NT_187149	TGT	2	6	19897	19902	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399995590
389	NT_187149	CTT	2	6	20090	20095	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995590
390	NT_187149	GCAGCC	2	12	20103	20114	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	399995590
391	NT_187149	TGC	2	6	20239	20244	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
392	NT_187149	AGC	2	6	20276	20281	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
393	NT_187149	CCGCT	2	10	20440	20449	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
394	NT_187149	CGC	2	6	20552	20557	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
395	NT_187149	AT	3	6	20566	20571	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
396	NT_187149	GCTC	2	8	20600	20607	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
397	NT_187149	AAGGT	2	10	20622	20631	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
398	NT_187149	TGA	2	6	20784	20789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
399	NT_187149	TTG	2	6	20918	20923	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
400	NT_187149	TTC	2	6	20970	20975	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
401	NT_187149	CGT	2	6	21059	21064	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
402	NT_187149	AC	3	6	21087	21092	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
403	NT_187149	A	6	6	21131	21136	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
404	NT_187149	CA	3	6	21159	21164	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
405	NT_187149	AAG	2	6	21184	21189	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
406	NT_187149	AAC	2	6	21272	21277	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	399995591
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500	NT_187149	GGA	2	6	25661	25666	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

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